Az ultrafutás Magyarországon az atlétika egyik szakága, ezért hivatalosan a Magyar Atlétikai Szövetség (MASZ) irányítása alá tartozik.
A MASZ felel az ultrafutás hazai szabályozásáért, az országos bajnokságok kiírásáért, a versenyengedélyek kiadásáért és a magyar válogatott kijelöléséért.
Az ultrafutással kapcsolatos szakmai feladatokat a MASZ Ultrafutó Bizottsága készíti elő és koordinálja.
Nemzetközi szinten is ugyanez a felépítés érvényes: az ultrafutás világszervezete, az International Association of Ultrarunners (IAU) a World Athletics rendszerében működik, amelynek a MASZ a magyar tagszervezete. Ennek köszönhetően a magyar ultrafutók eredményei, bajnoki címei és válogatottsága a nemzetközi atlétikai rendszer részeként kapnak hivatalos elismerést.
